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港鐵系統於香港運作，由觀塘綫、荃灣綫、港島綫、東涌綫、將軍澳綫、東鐵綫、西鐵綫、屯马线（一期，即原马鞍山线）、迪士尼綫及南港島綫共10條港鐵路綫組成，總長度超過228.3公里，共有93個車站，當中有4個車站和輕鐵系統連接、1個車站和纜車系統連接、3個車站和機場鐵路系統連接。

港鐵在大部份日子提供每日約19小時的服務，其中東鐵綫及馬鞍山綫為19.5小時，大約由香港時間上午5時28分至翌日凌晨1時30分（若適逢大節日，則會通宵服務）。於早上繁忙時間，港島綫的列車班次最短可達120秒一班，載客量最多的港鐵伊藤忠近畿川崎列車，每小時載客量可達120,000人次。港鐵列車數目由地下鐵路公司成立時的140卡，增加至1863個車廂。
輕鐵
更多信息：香港輕鐵
輕鐵系統讓港鐵公司能夠保持在新界西北的公共交通市場的主要營運商地位（圖為輕鐵751綫車輛正在兆康站中停站）

輕鐵系統（亦稱為西北鐵路）於1988年9月投入運作，長36.2公里，雙軌行車，設有68個車站，當中有4個車站可轉乘西鐵綫。輕鐵系統於新界西北部的屯門、元朗及天水圍等地區運行。輕鐵是一個地區集體運輸系統，其使用的車輛與在公共道路上的路軌行走的電車相若。輕鐵是新界西北的綜合運輸系統的一部分，為西鐵綫提供接駁服務。港鐵公司現時共有140部輕鐵車輛[註 6]，每部可載客200餘人。近年，輕鐵的行車正點率及票務設施正常操作率均有99%以上。

輕鐵於2011年底錄得每日平均45萬人次的乘客量，是全球最繁忙的輕鐵系統之一。
機場快綫
主条目：機場快綫

機場快綫連接中西區中環的香港站，與離島區赤鱲角亞洲國際博覽館的博覽館站之間，屬於機場聯絡軌道系統。此綫連接了赤鱲角香港國際機場，以特快形式運行，故得此名。