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畢達哥拉斯密碼是古典密碼學的密碼系統，比凱撒密碼等其他系統在時間上更古老。它是由畢達哥拉斯學派根據畢達哥拉斯開創的音樂理論描述的，在第二次佈匿戰爭期間被希臘帝國廣泛使用。
根據普魯塔克的說法，羅馬帝國更喜歡採用凱撒密碼，因為它比畢達哥拉斯密碼更簡單，也是因為這種密碼因狼五問題而受到限制，導致解密過程出錯從畢達哥拉斯逗號的偏差。除了與 Spartan scytale 密碼的比較外，還可以在 Plutarch 的著作中找到該過程的描述。
根據其他歷史學家的說法，這種密碼需要精通音樂理論並具有受過良好音樂教育的耳朵的密碼學家或抄寫員。儘管它允許使用當時不同的樂器進行遠距離傳輸，但其他系統仍然盛行。
哲學家柏拉圖在他的一段對話中提到了亞特蘭蒂斯人使用的畢達哥拉斯系統的前身系統。即使在其中，它的定義和使用也暗示了明顯的影響。因為沒有關於亞特蘭蒂斯的文獻，也沒有關於它真實存在的資料，所以這個說法無法得到證實。
中世紀產生的樂譜系統的改進除了允許變體的擴散之外，還允許這種類型的古典密碼傳播。但同樣地，由畢達哥拉斯定音產生的音律引起的問題導致解密過程中不斷出現問題，儘管密碼是在工作人員上以書面形式傳輸的，而不是通過使用樂器發出的聲音。此外，在沒有諸如語調等共識的情況下，加密標準的不斷混亂。當時沒有音樂標準，即使雙方都擁有對稱密鑰和程序，加密方法也很複雜。
根據一些編年史，密碼系統在穆斯林入侵安達盧斯期間至關重要，被用於傳輸重要的軍事信息。當時的一些編年史家確信，由於它的傳播很少，有許多文化不知道這種加密方法，這有利於成為密碼分析者的力量。
在文藝復興時期，由於新氣質的出現，一些密碼學家更喜歡畢達哥拉斯密碼而不是維吉尼亞密碼。就兩種密碼系統對頻率分析的敏感性以及破解這兩種方法所需的密碼數量展開了激烈的辯論。事實上，古典替代系統的簡單性比基於音樂理論的程序有很大優勢，後者需要更大的學習曲線。另一方面，口頭傳播並沒有顯示出優勢，事實上，他們最終通過書面音樂編碼來發送信息。與根據各種來源對程序的原始描述相比，這似乎也是矛盾的。
目前，畢達哥拉斯密碼僅具有教學意義，作為經典密碼系統中的介紹部分進行研究。確實有一些學者認為，在定義它時，它是當時先進的密碼系統，與其他當代方法相比非常穩健。但同樣，也有許多人認為它的複雜性是不合理的，因為有更簡單、更靈活的替代方案可以提供同等的安全性。